Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder cookies. Jag förstår

Spel-AI för celler

Stamceller I 3D

En AI-baserad teknik för att analysera sociala nätverk har fått betydelse för individanpassad vård och framtidens läkemedel. Det är forskare vid Uppsala universitet som sett möjligheterna med den avancerade bildanalystekniken för att hantera viktig information som andra metoder missar.

– Vi utnyttjar de senaste metoderna inom AI, eller mer specifikt grafbaserade neurala nätverk som utvecklats för att analysera sociala nätverk och anpassar dem för att förstå biologiska mönster och gradvisa variationer i vävnadsprover, säger Carolina Wählby, professor vid institutionen för informationsteknologi vid Uppsala universitet.

– Man kan likna cellerna vid sociala enheter som liksom grupper av individer kan definieras utifrån de aktiviteter de delar inom sina sociala nätverk som till exempel Twitter, sökningar på Google eller val av tv-serier.

Kort om celler

Vävnaden som bygger upp våra organ består av biljoner celler med olika funktion. Alla celler hos en individ har samma gener, DNA, som finns i cellkärnan.

Generna uttrycks genom att molekyler kallade budbärar-RNA med information om vad som ska göras skickas ut från cellkärnan till resten av cellen. Kombinationen av mRNA definierar på så sätt cellens arbetsuppgifter i kroppen.

RNA kan avläsas med hjälp så kallad in situ-sekvensering, där miljontals avlästa mRNA syns som prickar i en mikroskopibild av vävnaden. Det är en svår utmaning att urskilja alla viktiga detaljer.

Källa: Uppsala universitet

Algoritmer ser mer

Forskare vid Uppsala universitet har utvecklat en ny bildanalysmetod för att lära mer om kroppens celler och vävnad. Den avancerade tekniken är baserad på AI-algoritmer som från början togs fram för att förstå sociala nätverk. Metoden kan läsa av enorma mängder information om såväl funktioner inom en enskild cell och interaktioner mellan celler.

Tidigare analysmetoder är beroende av att det redan är känt vilka celltyper som finns i vävnaden och att cellkärnorna i den är identifierade. Det kan också vara svårt att hitta de olika cellkärnorna om till exempel cellerna ligger tätt.

– Med vår analys som vi kallar spage2vec kan vi nu få fram motsvarande resultat utan någon förkunskap om förväntade celltyper och kan dessutom hitta nya celltyper och funktioner inom eller mellan celler i vävnaden, säger Carolina Wählby.

Hjärtats utveckling

Forskargruppen arbetar nu vidare med sin analysmetod genom att undersöka hur olika celltyper uppstår och organiserar sig under hjärtats tidiga utveckling. Det är ren grundforskning som syftar till att öka kunskapen om dessa mekanismer, både när allt fungerar som det ska och vid sjukdom.

Det finns också förhoppningar om att kunna använda analysmetoden för att bättre förstå cancer. Målet är att det på sikt ska kunna leda till bättre behandlingar som anpassas efter varje patient.

Källa: Uppsala universitet

2 november 2020 Reporter anne hammarskjöld digit Foto adobestock

Senaste nytt

Fördel digital vård

22 april 2021

Nio av tio föredrar att träffa sjukvården på distans istället för fysiskt. Nu spår experter en ordentlig omstrukturering av vårdbranschen.  

Svenskt datacenter för Cisco

22 april 2021

Cisco slår upp dörrarna till ett nytt datacenter på en hemlig plats strax söder om Stockholm. Enligt bolaget kommer det att innebära säkrare och bättre prestanda för kunderna.  

Huawei utanför topp 5

21 april 2021

Mobilförsäljningen landade på 340 miljoner enheter under årets första kvartal, vilket är en 24-procentig ökning gentemot Q1 2020. Huawei är borta från topp fem, men en stor del av ökningen kommer ändå från Kina och tre kraftigt växande leverantörer.

Först med blockkedje-öl

21 april 2021

Snart lanseras Helt Spårat, som är Sveriges första blockkedje-öl. Syftet är att kunna dokumentera och följa ölets alla processer, från att maltkornet sås till att ölet tappas upp på flaska.

Stressade videoögon

20 april 2021

Vi spenderar alltmer tid vid våra skärmar och inte minst nu under pandemin, vilket också märks för våra ögon. Ett sätt att undvika försämrad ögon- och synhälsa kan vara att ta en del möten på telefon istället för video.

Pandemieffekt för blockkedja

20 april 2021

De globala investeringarna i blockkedjeteknik kommer att landa på 6,6 miljarder dollar i år, vilket är en ökning på över 50 procent jämfört med 2020. Den ökade efterfrågan är bland annat en effekt av pandemin och kravet på säkra leveranskedjor.